Det særprægede havområde indeholder lave og dybe områder, som mod nord indsnævres til en flodlignende rende med den stærkeste strøm i de danske farvande. Det udsætter kysterne for erosion, hvilket skaber helt særlige naturmæssige forhold med blandt andet sjælden værdifuld flora.

Herudover skaber Lillebælt rammerne for verdens tætteste bestand af marsvin, og det er et af landets vigtigste yngle- og rasteområder for fugle knyttet til kyst, strandeng og lavvandede havområder.

Strømmen holder ligeledes store dele af bunden fri for løst materiale, hvilket bevirker en hård havbund. Det skaber, sammen med store vanddybder på op til 80 m, unikke betingelser for fauna og flora, som ikke findes andre steder i de indre danske farvende.

En stor del af området er udpeget som internationalt beskyttelsesområde med naturtyper tilknyttet havet og kysterne som lavvandede bugter, rev mv.

Ud over det særprægede hav- og kystområde er de landskabelige naturområder også af særlig høj naturmæssig værdi med bl.a. betydningsfulde skovområder, store strandengsarealer, tidvis våde enge, kalkoverdrev, sure overdrev mv. Landskaberne omkring de fynske herregårde, øerne, kystskovene, Skamlingsbanken og meget mere indbyder sammen med bæltets endeløse muligheder til enestående oplevelser og et aktivt friluftsliv.